目前渔船船员申办未向个人开放，仍需单位向海事管理机构申请办理。
办理渔业船员海员证的申办单位应为农业部批准的从事远洋渔业项目的公司或经商务主管部门核准的具有对外劳务合作经营资格经营渔业船员外派业务的公司；具有从事远洋渔业项目的公司只能为自有渔业船员申办海员证，具有对外劳务合作经营资格经营渔业船员外派业务的公司只能为自有渔业船员和签订服务合同的渔业船员申办海员证；申办渔业船员海员证应提交渔业船员与公司签订的劳动合同或服务合同及其影印件，经营渔业船员外派业务的公司还应提交该公司与国外雇主订立的书面劳务合作合同。船员本人需要持有渔业船员任职证书、符合条件的《渔船船员体检表》、无法律法规禁止出境的证明，材料由上述具备资质的单位向海事管理机构申报。